Importante nomina ai vertici della Congregazione per gli Istituti di Vita Consacrata e le Società di Vita Apostolica. 

Papa Francesco ha chiamato a ricoprire la carica di segretario del dicastero il ministro generale dell'Ordine Francescano dei Frati Minori, il 59.enne padre José Rodríguez Carballo, elevandolo in pari tempo alla dignità di arcivescovo. Spagnolo di Lodoselo, il nuovo presule ha iniziato la sua formazione religiosa a Santiago de Compostela, quindi per alcuni anni ha perfezionato gli studi a Gerusalemme, presso la Custodia di Terra Santa. A Nazareth, nel 1977, è stato ordinato sacerdote nella Chiesa di San Salvatore.

Rientrato in Spagna, ha svolto numerosi incarichi, tra cui quello di guardiano e rettore del Convento di San Francesco in Santiago de Compostela e di maestro dei Frati di Professione Temporanea. In questo periodo ha anche svolto compiti di docenza, insegnando anche Teologia della Vita Consacrata. Nel 1992 è stato eletto ministro provinciale di Santiago de Compostela, mentre dal ‘93 al ‘97 è stato anche presidente dell'Unione dei Ministri Provinciali Francescani d’Europa. Il 5 giugno 2003 è stato eletto ministro generale dell'Ordine dei Frati Minori, come 119.mo successore di San Francesco di Assisi, nomina riconfermata nel 2009 per altri sei anni. A fine 2012, inoltre, è stato anche eletto presidente dell'Unione dei Superiori Generali.

Membro delle Congregazioni per l'Evangelizzazione dei Popoli e per gli Istituti di Vita Consacrata e le Società di Vita Apostolica, ha partecipato ai Sinodi dei Vescovi del 2005, del 2008 e del 2012, e a quello per il Medio Oriente nel 2010. Ha preso parte anche alla V Conferenza Generale dell'Episcopato Latino-Americano di Aparecida nel 2007. È autore di numerosi articoli sulla Vita Consacrata e Religiosa, sulla Teologia Pastorale, sulla Sacra Scrittura e sulla spiritualità francescana. Al suo attivo la pubblicazione di alcuni libri. Poliglotta, parla lo spagnolo, l’inglese, il francese, l’italiano, il portoghese e conosce il latino, il greco biblico e l'ebraico biblico.